Créée par la loi de programme du 18 avril 2006 pour la recherche, l'AERES a été mise en place par François Goulard, ministre délégué à l’Enseignement supérieur et à la recherche, pour renforcer l'efficacité de la politique nationale de recherche. Elle a pour mission d’apprécier la qualité des établissements, des unités de recherche et des formations d’enseignement supérieur.

A l'occasion de la mise en place de l’AERES, plusieurs instances d’évaluation existantes sont supprimées : le comité national d’évaluation (CNE), le comité national d’évaluation de la recherche (CNER) et la mission scientifique, technique et pédagogique (MSTP) du ministère chargé de la recherche et de l’enseignement supérieur.

L'agence est dotée du statut d’autorité administrative indépendante, qui lui permet de définir ses critères et ses méthodes dans le cadre juridique fixé par la loi et le décret du 3 novembre 2006. Elle est chargée à la fois d’évaluer les institutions de recherche ainsi que les activités conduites par les unités de recherche, les formations et les diplômes des établissements d’enseignement supérieur, de valider les procédures d’évaluation des personnels des établissements et organismes et de donner son avis sur les conditions dans lesquelles elles sont mises en œuvre.

Ces évaluations apportent des éléments objectifs aux responsables de la recherche et de l'enseignement supérieur pour l'affectation des moyens humains et financiers. Toutefois les décisions de reconnaissance des unités de recherche et de financement de leurs activités, les démarches de contractualisation des établissements demeurent pleinement de la compétence de l’Etat ou des responsables des établissements.

L’Agence est placée sous l’autorité d’un président exécutif et organisée en trois sections :

  • la section des établissements, compétente pour l’évaluation des établissements et pour examiner les procédures d’évaluation des personnels ;
  • la section des unités, pour l’évaluation des activités des unités de recherche ;
  • la section des formations, pour l’évaluation des formations et des diplômes.

Le Conseil est constitué de vingt-cinq membres, dont deux parlementaires membres de l’Office d’évaluation des choix scientifiques et technologiques et quatorze scientifiques nommés sur proposition des établissements et de leurs instances d’évaluation ou conseils scientifiques. La présidence a été confiée au Pr. Jean-Marc Monteil.

Ses procédures d'évaluation, les curriculum vitae de ses membres et des scientifiques auxquels elle fait appel, ainsi que les résultats de ses travaux sont systématiquement rendus publics, sauf obligations contractuelles ou légales de confidentialité. L’agence remettra au ministre chargé de la recherche un rapport annuel mettant en exergue les grands enseignements des évaluations conduites et les conséquences qui en auront été tirées. Ce rapport sera transmis à l’OPECST.