Il a été créé en 1988 par la Fnac en collaboration avec le rectorat de Rennes et avec l’accord de l'Académie Goncourt.

Ce prix offre chaque année à près de 2 000 élèves âgés de 15 à 18 ans (issus de classes de seconde, première ou terminale, généralistes ou professionnelles), l'opportunité de lire et d'étudier en deux mois, avec l'aide de leurs professeurs, la dizaine de romans de la sélection de rentrée de l'Académie Goncourt.

Le Prix Goncourt des lycéens est décerné chaque année au mois de novembre par un jury composé de lycéens et issu d’une cinquantaine d'établissements.

Le Prix Goncourt des lycéens 2006 a été décerné à Léonora Miano pour son roman Contours du jour qui vient.

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Le Prix Goncourt des Lycéens 2006 décerné à Léonora Miano