Les auteurs du rapport mesurent les avancées engagées par la Loi 99-587 du 12 juillet 1999 et analysent les obstacles, culturels pour la plupart, qui subsistent. Six groupes de propositions, destinés à donner « un nouvel élan à l'innovation », se dégagent de leur réflexion commune :

1. Afin d'amener à la fois les chercheurs des universités et des EPST à avoir « une meilleure appréhension de leur responsabilité socio-économique et des enjeux industriels qui se posent dans leur domaine de recherche », et les entreprises à prêter « une meilleure attention aux contributions que peuvent leur apporter les chercheurs et doctorants des établissements publics de recherche », le rapport préconise de favoriser la mobilité recherche-industrie. Ceci en permettant que les règles statutaires de mobilité des chercheurs des EPST intègrent la mobilité vers l’industrie en tant que salariés, en multipliant les activités salariées à temps partiel ou à mi-temps dans l’industrie des chercheurs des institutions publiques, en valorisant les différents types de mobilité, en favorisant le recrutement de jeunes docteurs par les entreprises, et en amoindrissant les contraintes administratives.

2. Le rapport recommande également d'optimiser le statut actuel de consultant, notamment en améliorant les conditions juridiques et fiscales de la consultance et en faisant que les rémunérations de consultants soient prises en compte dans la base du calcul du crédit impôt-recherche par l’administration fiscale. Cette dernière est également invitée à déduire de l’impôt des personnes physiques la part des revenus de consultance reversée à la recherche publique.

3. Partant du constat que « le nombre très insuffisant d’élèves de grandes écoles scientifiques et techniques engagés dans un programme de recherche et la faible pénétration de la recherche publique dans les entreprises tiennent à une information insuffisante de l’intérêt que cette recherche présente tant du point de vue personnel que sociétal », le groupe de travail conseille de rendre prioritaire la formation à la recherche dans tous les établissements scientifiques et techniques par la mise en place d'un enseignement aux formations techniques, au sein de masters universitaires, dispensés par des personnalités ayant une large expérience du monde industriel ou de la recherche fondamentale avancée. En outre, il invite les universités à encourager les regroupements en pôles d’excellence de certaines activités d’enseignement, à dispenser une information complète sur les débouchés de la recherche et les coopérations qu’elles établissent avec le monde industriel, et à tisser des partenariats avec les entreprises technologiques.

4. Afin de donner une forte impulsion au transfert aux entreprises des inventions issues de la recherche publique, les auteurs préconisent de faciliter le processus de protection intellectuelle et industrielle des inventions, en réduisant les délais d’instruction des demandes de dépôt de brevet au sein des EPST (maximum six mois), en reconsidérant la question des services chargés de la valorisation « en terme de compétences et de professionnalisme avec notamment appel à des spécialistes issus des entreprises ou recours à des cabinets de propriété industrielle », en impliquant l’équipe de recherche dans le processus de valorisation, et en laissant la possibilité à l’équipe de recherche de choisir entre plusieurs organismes de valorisation.

5. Autre préconisation du rapport : favoriser la création d’entreprises. A cette fin, le groupe de travail insiste sur la nécessite de préparer les chercheurs universitaires et des EPST à la création et la direction d’entreprises technologiques, et de simplifier et harmoniser les démarches administratives nécessaires à la prise de brevets et à la création de start-up. Les auteurs proposent également de redéfinir le rôle, la composition et le fonctionnement des commissions de déontologie.

6. Le dernier groupe de proposition porte sur le financement des jeunes entreprises issues de la recherche. Les auteurs du rapport demandent à l'Etat d'apporter une aide renforcée aux jeunes entreprises issues de la recherche publique, et recommandent que « la participation des chercheurs au capital d’une société qu’ils ont contribué à créer ne soit pas limitée ». Enfin, ils proposent « qu’une licence exclusive internationale soit accordée à toute nouvelle société issue de la recherche publique pour une durée maximale de deux ans, période qui permettrait de rechercher des financements privés dans des conditions plus favorables pour le chercheur et l’établissement d’origine. »

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